Το βαρύ σκορ και τα πέντε γκολ που δέχθηκε η Ομόνοια στη Δανία, έφεραν εκ νέου μουρμούρα με τον κόσμο της ομάδας να ζητά άμεση ενίσχυση με ποιοτικούς παίκτες. Μετά από μία τριετία η πορεία των πρασίνων σε όμιλο ευρωπαϊκής διοργάνωσης ολοκληρώνεται, με το σερί να σταματά στη Δανία.
Την περίοδο 2020-21 προκρίθηκε για πρώτη φορά σε όμιλο ευρωπαϊκής διοργάνωσης, στους ομίλους του Γιουρόπα Λιγκ 2020-21, έχοντας απέναντι της τις PSV Αϊντχόφεν, Γρανάδα και ΠΑΟΚ. Η Ομόνοια τερμάτισε στην τέταρτη θέση και αποκλείστηκε.
Την επόμενη περίοδο (2021-22) προκρίθηκε στους ομίλους του Γιουρόπα Κόνφερενς Λιγκ. Αντίπαλοι ήταν η ΦΚ Βασιλεία, η Καραμπάγ ΦΚ και η ΦΚ Καϊράτ. Η Ομόνοια τερμάτισε στην τρίτη θέση και αποκλείστηκε από τη συνέχεια.
Η τελευταία της σεζόν (2022-23) στους ομίλους που ήταν και η 3η σερί χρονιά, αυτή τη φορά στους ομίλους του Europa League, αντίπαλοι της ήταν οι Σέριφ, Ρεάλ Σοσιεδάδα και Γιουνάιτεντ, τερματίζοντας στην 4η θέση με 0 βαθμούς.
